Die Seenberater vom Amt für Landwirtschaft Traunstein arbeiten eng mit den Betreuern der Ökomodellregion zusammen, haben doch alle dasselbe Ziel: Die Reduzierung der Nährstoffeinträge aus der Landwirtschaft in die Gewässer. Während sich in der Ökomodellregion viel um den Ökolandbau dreht, übernehmen die Seenberater die Beratung der Betriebe zu einer ganzen Palette von Themen wie Güllelagerung, Nährstoffbilanzierung, Abstände zu Gewässern bei Düngung und Pflanzenschutz oder Rückhaltemaßnahmen.